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拟订全国重大疾病防治规划、国家免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；承办全国爱国卫生运动委员会、国务院防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（七）农村卫生管理司。
承担综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全国农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生司。
拟订妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；拟订妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（九）医政司。
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